No menu do backoffice vá em Frete> Melhor Envio> Descontos, lá irão estar todas as regras de de descontos para os fretes.

Para criar uma nova regra click no ícone de '+' na barra superior da tabela:

Na página de criação é possível escolher o serviço que será aplicado o desconto tipo de desconto (Porcentagem ou valor fixo), a faixa de CEP e o valor mínimo e máximo que pode ser aplicado o desconto.

OBS.:sempre preencha o valor mínimo e máximo para evitar erros com as diferentes versões do Prestashop.